故事发生在“尼古城”，一座自然与文明和谐相处的城市。​ 有一天，主角得知了因“混沌”对人体进行改造而失去真实记忆的“假面骑士”的存在。 主角从已故父亲那里继承了支持假面骑士的“特工”角色。​ 他们与 16 位年龄、职业、信仰各异的独特假面骑士一起卷入一场改变“既定命运”并恢复记忆的战斗！