圣三一综合学院，其中的圣三一对应了现实中基督教的教义之一，那便是著名的三位一体论。
三位一体以下简称为三一论，即上帝只有一体，但在位格上又分成圣父、圣子和圣灵；三者虽有特定位份，却完全同属一个本体，同为一个独一真神，而不是三个神，但又非只有一位。
这和游戏主线剧情vol3第一章第三话渚说的可以说如出一辙，圣三一综合学院为主要学院为领头人联合举办，分别就是圣父、圣子、圣灵、三间学院出面联合建立了茶会，同时也是最早的圣三一学院学生会。
这三间学院虽然同为茶会，同为圣三一学院，但又分别为三个不同的学院。这三间的其中一间随便领出来都可以说是圣三一学院，但圣三一学院不是他们三个的任何一间。
同为一个主体，却又各有分别，互相独立，互相扶持。
但也正是这种看似联合的合并，其中的内部并不和平，其中暗流涌动，看似和平共处，却又每个人心中都打着自己的小算盘，mika的背叛就是最好的佐证。
然而内部虽然暗流涌动，但对格黑娜学院的敌对却是统一的。
渚说过，在这片学院还未统合之时，发生矛盾后，一般都是由各学院排除代表开展茶会后解决矛盾，而学院之间明面上的矛盾解决则是通过建立圣三一综合学院。
而建立圣三一综合学院，可以对应上现实中基督教教义中的三一论的推行和实施。
现在各位熟知的三一论在基督教内部的早期并没有次概念，大家都是根据旧约之中的内容根据自己的想法来信奉耶稣，这也是基督教内部派别这么多的原因之一，同时也可以理解为圣三一学院内的派别之多。
直到有些古代教父开始用希腊哲学思想去论证上帝，自那时其上帝三位一体的理论的讨论便越发火热，至第一次尼西亚大会会议前，三位一体已经发展成教内争论。
直至君士但丁大帝召开了第一次尼西亚大公会议来公开佐证并推行三一论，至此三一论就正是加入基督教教义，这里可以对应上圣三一学院的正是成立。
但其中反对的声音最为洪亮的便是阿里乌斯派，或者可以称之为亚流派，阿里乌斯派坚决不认为三一论为正确的，于是便被认为是异端，得到排挤和驱赶。
