碧蓝档案中目前共有14个学院，其中千禧年学院、圣三一学院、格黑娜学院为三大主流学院。
千禧年学院最关注技术，学员以理科生居多；圣三一学院重视对文化遗产的保护，校内随处可见古籍、文艺复兴风格建筑和古老的遗址；格黑娜学院有非常多的社团，例如以寻找终极的美食为目标的美食研究部等。
其余学院还有阿拜多斯高中、百鬼夜行联合学院、山海经高级中学、赤冬联邦学院、瓦尔基里警察学院、阿里乌斯分校、克罗诺斯新闻学院、SRT特殊学院、海兰德铁道学院、狂猎艺术学院、奥德赛海军军事学院等。
阿拜多斯高中：
圣三一综合学园：
格黑娜学院：
千禧年学院：
百鬼夜行联合学院：
山海经高级中学：
赤冬联邦学院：
