其实看不懂eva主要原因是涉及的宗教太多，不知道里面的名词，或者作者故意埋坑，只说了一半。
让我们从大世界观开始(本文主要讲述的是tv版本)，这个版本比较全面，但不是很多人认可的，但毕竟是基于宗教的世界观，所以猜测难免不一样。
据说几十亿年前的地球上没有生命。一颗陨石（白石）突然撞上了地球，碰巧撞上了南极，里面有亚当、郎基姆斯的枪和死海文件。（这就是为什么美里后来去南极）
亚当出生了许多使徒，然后把他们放在世界各地。此时，地球上还有另一颗陨石（黑石）（确切地说是日本），里面装满了莉莉丝。许多液体从莉莉丝身上流出（人们称之为它）lcl液体)，可以间接理解为羊水，人类诞生在那里。
人类发现了死海文件(南极考察)，一想到地球上有这么强大的生物就害怕，于是形成了NERV，抵抗使徒的入侵。上面还有一个组织SEELE，控制着NERV，他们有巨大的财富和军队，我们看到的飞架大炮都是他们的。
SEELE共有12名成员是我们常见的12块石碑。他们掌握了死海文件，记录了很多秘密，所以他们是知道所有秘密并实施计划的最高负责人。
SEELE我知道使徒一旦接触到亚当，就会产生冲击，然后人类就会被摧毁。所以我决定带头，用郎基姆斯的枪插入亚当的身体，把他变成一个鸡蛋。结果激怒了亚当，引发了第二次冲击，南极的冰盖消失了，变成了一片红色的海洋。
亚当因第二次冲击引起爆体，SEELE回收肉片，还原成卵，最后落在了NERV总司令，移植在男主的父亲手中。
落在日本之前的莉莉丝也被发现了。原来她和亚当有同样的能力，所以如果她被使徒遇到，也会引起第三次冲击。没有办法。第三个东京诞生了，那里装备了先进的人类武器。NERV基地也在那里。
也就是说，上面是人们生活的第三个东京，下面是NERV基地，底部是中央教条，里面有莉莉丝。光有人类武器是打不过使徒的，所以他们研究了亚当，利用了他DNA两台成功复制eva，也就是零号机和二号机。
与此同时，他们的野心也扩大了。他们把莉莉丝的一切都分为两部分，下半部分用来制造初始编号机（这就是为什么中央教条中只有莉莉丝的一半）。然而，在改造过程中，男主人的灵魂融入了初始编号机，这就是为什么男主人被殴打时初始编号机会爆发的原因。
然后他们就开始了人类补全计划，意思是所有人类将失去AT立场(心与心的隔阂)，身体还原成lcl液体(又称橙汁计划)，灵魂聚集在一起，融入莉莉丝，进化成独特的生命体，即神。
本来计划的很好，但是男主的父亲不高兴。毕竟他老婆融入了初号机体，他想再见到淀唯(他老婆)。而且男人的父亲用淀唯的DNA复制了很多克隆体，然后用一种神秘的方法把莉莉丝的灵魂提取出来，放进其中一个克隆体里，那就是我们的女神利。
后来大家都看到了，使徒来了，NERV派初号机迎战，使徒不懂事啊，看到没电的初号机还没跑，结果就被杀了。
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