游戏王决斗链接和大师决斗区别如下：
大师决斗卡池比决斗链接深，大师决斗卡池已经很比较接近实卡了。
大师决斗比决斗链接多了两怪兽格子和两魔陷。
大师决斗有主要阶段2。
大师决斗可以分解不要的卡来合成需要的卡。
大师决斗没有人物和技能。
牌组架构
在卡片对战中，玩家需要进行主卡组、副卡组及额外卡组的设定。
主卡组至少含有40张卡片并作为玩家的主要牌组进行决斗；副卡组是进行卡牌调整所用的预备卡，至多可配置15张。副卡组不能在一场决斗中使用，只有在3局2胜的比赛战中，在两场决斗之间可以根据战略需要将主卡组与副卡组之间的卡片进行交换，交换前后副卡组的数量不能发生改变；额外卡组是由在满足一定条件下能使用的超量 怪兽、同步怪兽、融合怪兽和连接怪兽组成。额外卡组最多可配置15张，并不计入主卡组的数量限制。
