绝区零主线任务主要由剧情和空洞任务组成。
剧情主要发生在新艾利都，玩家扮演“绳匠”——一种引导人们探索空洞的特殊职业者。新艾利都中存在着大量希望进入空洞内的人，他们怀抱着各自的理由寻找进出空洞的资源与方法，而“绳匠”就是这类人不可或缺的同伴。玩家将在游戏中帮助他们探索空洞、挑战强敌、达成他们的使命，并在这一过程中深入了解他们的故事。
空洞是一种未知的高危超自然灾害，也是让世界沦入末日的罪魁祸首。它的内部空间失序混乱宛如迷宫，普通人进入一定会迷失其中。此外，空洞内还会产生名为“以骸”的怪物。它们强大危险，并且对一切外来生命都充满敌意。而比迷失和怪物还要可怕的，则是空洞内产生的神秘物质“以太”。它带有强烈的异化侵蚀能力，会逐渐将困在空洞内的人转化为以骸。任何智慧生命，甚至是搭载了广义上的智能硬件的机械都无法逃脱。不过，万事皆有其两面，以太在带来诅咒的同时也是一种稀有资源。新艾利都正是依靠着采掘和利用以太物质的技术，才得以成为末日中的“奇迹之城”，发展壮大。
玩家在空洞内的探索将以控制御用邦布——助手1号伊埃斯在电视机阵列棋盘中移动的形式呈现。进入空洞后，委托目标将会显示在棋盘左上方。目标旁边的菜单选项可以查看本次委托的观测任务，以及一些错过的消息。除此之外，棋盘还会从左到右依次显示鸣徽背包、当前所在位置、消息弹窗、邦布插件、侵蚀症状、压力值、背包&资源。培养材料在获得时将自动收纳进入玩家的背包。玩家可在背包内查看所有已获取的培养材料。
进入空洞前，在HDD委托界面可以预览完成委托的所需时长与查看目标空洞的以太活性。在以太活性低的空洞中，行动将不会为队伍增加压力值。在以太活性中、以太活性高的空洞中，探索路径、进入战斗、获取鸣徽/齿轮硬币/丁尼等行动均会为队伍增加少量压力值。同时，空洞中也存在着舒缓队伍压力值的安全区，探索该区域可以降低压力值。
压力值累积达到100后，会出现随机侵蚀症状，并清空当前压力值。侵蚀症状会对玩家的战斗和探索产生一定影响，玩家可以在棋盘页面的侵蚀症状栏中查看详情。侵蚀症状会对玩家的战斗和探索产生一定影响，玩家可以在侵蚀症状栏中查看详情。累积出现五个侵蚀症状后，探索增加的压力值时将转为扣除代理人的生命值百分比。在战斗中生命值过低，将直接结束探索。
